Causación de facturas en el sector salud (IPS y EPS)

En la causación de facturas en el sector salud, la fecha de la factura no es la que manda. La IPS reconoce el ingreso y la EPS reconoce el costo cuando se presta el servicio, aplicando el principio de devengo. La factura electrónica con su RIPS validado, la radicación y el trámite de glosas determinan cuánto se cobra y cuánto se paga. Por eso, ambas partes registran primero y luego ajustan el valor cuando las glosas se aceptan o se levantan.

Cómo funciona la causación de facturas en el sector salud

El ciclo entre la IPS y la EPS es propio del sector: se presta el servicio, se expide la factura electrónica, se valida el RIPS ante el Ministerio de Salud, se radica y la EPS audita y, si encuentra inconsistencias, formula glosas.

El RIPS validado recibe un código único de validación (CUV). Sin ese código la factura no puede radicarse, y la EPS no puede recibirla ni tramitarla, según la Resolución 948 de 2026 del Ministerio de Salud. Esta resolución derogó la Resolución 2275 de 2023 y es hoy el marco del RIPS como soporte de la factura.

Ninguna de esas etapas cambia el periodo del registro: el servicio prestado en octubre es ingreso de la IPS y costo de la EPS de octubre, aunque la factura se radique en noviembre.

Aspecto	IPS (prestador)	EPS (pagador)
Qué causa	Ingreso por servicios y cuenta por cobrar	Costo médico y obligación por pagar
Cuándo	Al prestar el servicio	Al prestarse el servicio a su afiliado
Antes de tener la factura	Servicios prestados pendientes de facturar	Reserva por obligaciones pendientes
Efecto de las glosas	Menor ingreso (estimado y luego definitivo)	Menor costo y menor cuenta por pagar
Documento que formaliza	Factura electrónica con RIPS y CUV	Factura radicada y resultado de auditoría

Causación en la IPS: ingreso, cuenta por cobrar y glosas

La IPS registra el ingreso cuando presta el servicio. Si al cierre del mes hay atenciones sin facturar, por ejemplo pacientes hospitalizados que aún no tienen egreso, se reconocen como servicios prestados pendientes de facturar. Los servicios de salud humana están excluidos de IVA (art. 476 ET), así que la factura no lleva ese impuesto.

El punto delicado son las glosas. Bajo NIIF 15, o la Sección 23 en el caso de las Pymes, el ingreso se mide por el valor que la entidad espera recibir. Si la experiencia muestra que una parte de lo facturado termina glosada de forma definitiva, esa porción es una contraprestación variable y se descuenta desde el inicio, con una estimación razonable por cliente o por tipo de servicio.

Cuando la glosa queda en firme, la IPS emite la nota crédito electrónica, también con su RIPS validado. La diferencia entre lo estimado y lo definitivo es un ajuste del periodo en que se conoce.

En lo fiscal, para los obligados a llevar contabilidad el ingreso realizado es el devengado contablemente en el año (art. 28 ET). Por eso el momento del registro contable define también el año gravable del ingreso.

Causación en la EPS: costo, reserva técnica y cuenta por pagar

La EPS reconoce el costo de la atención cuando el servicio se presta a su afiliado, no cuando llega la factura. Para lograrlo usa la reserva de obligaciones pendientes, que el Decreto 780 de 2016 le exige calcular y actualizar cada mes. Esta reserva cubre los servicios ya conocidos, como los autorizados, y los ocurridos que la EPS todavía no conoce.

Cuando la factura se radica con su CUV, el valor estimado en la reserva pasa a una cuenta por pagar al prestador. Si la factura no tiene CUV, la EPS no puede recibirla ni reportarla como costo de la atención con cargo a la UPC.

Las glosas que formula la EPS no eliminan el costo de inmediato: costo y obligación se ajustan cuando la glosa queda en firme, porque la IPS la acepta o porque no se levanta.

Plazos de glosas que mueven los registros

El artículo 57 de la Ley 1438 de 2011 fija los tiempos del trámite, todos en días hábiles:

20 días desde la radicación de la factura con todos sus soportes para que la EPS formule y comunique las glosas.
15 días desde que recibe la glosa para que la IPS responda, aceptando o justificando la no aceptación.
10 días desde que recibe la respuesta para que la EPS levante la glosa, total o parcialmente, o la deje como definitiva.
5 días desde el levantamiento para pagar los valores de las glosas levantadas.

Los plazos tienen efecto contable. Si la EPS no glosa a tiempo, la factura se entiende aceptada y la obligación queda por el valor total. Si la IPS no responde a tiempo, la glosa se entiende aceptada y corresponde registrar el menor ingreso.

La IPS, además, tiene 22 días hábiles desde la expedición de la factura para radicarla; si no lo hace, debe anularla y expedir una nueva. Ese cambio de documento no traslada el ingreso a otro mes.

Ejemplo práctico de causación con glosa

Una IPS atiende en octubre de 2026 a afiliados de una EPS por $50.000.000 bajo la modalidad de pago por evento. Su historial muestra que cerca del 4 % de lo facturado a ese cliente termina en glosa definitiva.

En la IPS (octubre):

Cuenta por cobrar: débito $50.000.000; ingreso por servicios de salud: crédito $50.000.000.
Estimación de glosas (4 %): débito al ingreso $2.000.000; crédito a una cuenta correctora de la cartera $2.000.000.
Ingreso neto de octubre: $48.000.000.

Trámite en noviembre y diciembre: la EPS glosa $3.500.000. La IPS acepta $1.500.000 y defiende $2.000.000. La EPS levanta $1.200.000 y deja $800.000 como definitivos. La glosa definitiva suma $2.300.000 ($1.500.000 + $800.000).

Ajuste en la IPS: se emite la nota crédito por $2.300.000. Se cancela la estimación de $2.000.000 y la diferencia de $300.000 se registra como menor ingreso del periodo en que se conoce. El valor por cobrar queda en $47.700.000.

En la EPS: en octubre reconoce el costo de $50.000.000 dentro de su reserva, porque los servicios estaban autorizados. Al radicarse la factura lo pasa a cuenta por pagar y, cuando las glosas quedan en firme, reduce costo y obligación en $2.300.000. El costo final es de $47.700.000, la misma cifra que la IPS terminará cobrando.

Errores frecuentes al causar facturas de salud

Registrar el ingreso o el costo en el mes de radicación y no en el de prestación del servicio.
Reconocer el ingreso por el 100 % de lo facturado cuando la IPS sabe, por su historial, que una parte se glosará.
Causar en la EPS facturas sin CUV o sin conciliarlas con la reserva técnica, lo que duplica el costo.

Preguntas frecuentes

¿La IPS debe esperar la radicación para causar el ingreso? No. El ingreso se reconoce cuando se presta el servicio, aunque la factura se expida o se radique después. Al cierre de cada mes, las atenciones sin facturar se registran como servicios pendientes de facturar. La radicación solo inicia el plazo de auditoría y de glosas de la EPS.

¿Una glosa aceptada de una factura del año anterior es un error contable? Por lo general, no. Si la estimación inicial se hizo con la información disponible, la diferencia es un cambio de estimación y se registra en el resultado del periodo en que se conoce. Solo sería un error si se ignoró información fiable que ya existía al cerrar ese año.

¿Qué pasa si la EPS no formula glosas dentro de los 20 días hábiles? La factura se entiende aceptada por su valor total. La IPS mantiene la cuenta por cobrar completa y la EPS debe reconocer la obligación por ese valor. Aceptada, la factura constituye un título valor exigible por esos valores, si cumple los demás requisitos legales.

Referencias

Estatuto Tributario, art. 28: realización del ingreso para los obligados a llevar contabilidad.
Estatuto Tributario, art. 476: servicios excluidos del IVA.
Ley 1438 de 2011, art. 57: trámite de glosas.
Decreto 780 de 2016, Decreto Único Reglamentario del Sector Salud y Protección Social.
Resolución 948 de 2026 del Ministerio de Salud y Protección Social (14 de mayo de 2026): RIPS como soporte de la factura electrónica de venta en salud.